Himpenindo DIY dibentuk dalam rangka mewadahi para peneliti yag bertugas di dalam Propinsi Daerah Istimewa Yogyakarta. Pada saat didirikan (tahun 2019) terkumpul 19 Satuan Kerja Litbang.

Sebagai Ketua Pertama terpilih Prof. Gunawan MS dari BPTP Kementan.

Sekretariat perhimpunan berada di kantor BPTBA LIPI Gunungkidul, Yogyakarta.